บริษัท ซึ่งอยู่ภายใต้ชื่อทางการค้า " นกแอร์ " ได้กำเนิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2547 ในชื่อบริษัท สกายเอเชีย จำกัด (Sky Asia Ltd.)

" นกแอร์ " จึงเป็นชื่อที่ง่าย และสั้นต่อการจดจำ โดยเป็นชื่อที่สื่อถึงความเป็นมิตร และเป็นสัญลักษณ์ของอิสรภาพแห่งการเดินทาง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นชื่อที่ย้ำถึงความเป็นไทยได้อย่างแท้จริง ซึ่งก็เปรียบเสมือนนก ที่มีอิสระในการบินสามารถบินไปไหนต่อไหนได้อย่างมีอิสระเสรี

สำหรับตราสัญญาลักษณ์นั้นนกแอร์เลือกที่จะใช้สีเหลืองเป็นสีประจำสายการบินนกแอร์ โดยสีเหลืองนั้น ได้แสดงลักษณะและมีความหมายที่หมายถึงความอบอุ่นและความเป็นมิตร

เมื่อวันที่ 16 มกราคม 2549 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "บริษัท สายการบินนกแอร์ จำกัด" ต่อมานกแอร์ได้แปรสภาพเป็นบริษัทจำกัดมหาชน เพื่อเตรียมตัวเข้าเป็นบริษัทจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย มีการเปลี่ยนชื่อเป็น "บริษัท สายการบินนกแอร์ จำกัด (มหาชน) โดยมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2556